Đến năm 1992, Xí nghiệp thực hiện chuyển đổi tổ chức và trở thành Tổng công ty thuốc lá Việt Nam thuộc Bộ công nghiệp nhẹ quản lý và có trụ sở chính tại Hà Nội.

Sau thời gian phát triển hoạt động, đến đầu năm 2006 Tổng công ty thực hiện mô hình kinh doanh Công ty mẹ - Công ty con. Công ty mẹ được thành lập dựa trên cơ sở tái tổ chức văn phòng Tổng công ty thuốc lá Việt Nam, công ty thương mại thuốc lá và công ty xuất nhập khẩu thuốc lá.
Đến năm 2010, Tổng công ty thuốc lá Việt Nam - Công ty mẹ được chuyển thành Công ty TNHH MTV do Nhà nước làm chủ sở hữu. Năm 2013, đề án tái cơ cấu Tổng công ty thuốc lá Việt Nam giai đoạn 2012 - 2015 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Đến năm 2016, tái cấu trúc cơ bản đã được hoàn thành với 2 đầu mối chính là 2 công ty mẹ là Công ty thuốc lá Sài Gòn và Công ty thuốc lá Thăng Long.
Sản lượng tiêu thụ của Tổng công ty trong giai đoạn 2010 - 2020 luôn tăng trưởng đều, chiếm trên 65% thị phần nội địa của toàn ngành, chiếm gần 75% thị phần xuất khẩu. Tổng công ty đã xuất khẩu ra nhiều nước trên thế giới trong đó có khu vực châu Mỹ, châu Á, châu Phi. Đặc biệt, tính đến năm 2019 Tổng công ty đã nộp ngân sách vượt 11.300 tỷ đồng; lợi nhuận đạt gần 1.600 tỷ đồng, tăng gần 6% so với kế hoạch đề ra; thu nhập bình quân của người lao động tăng trên 8%.
Hiện nay, cơ cấu tổ chức của Tổng công ty thuốc lá bao gồm Hội đồng thành viên, Ban Thường vụ Đảng ủy, Ban Điều hành và Kiểm soát viên. Trong đó, Chủ tịch HĐTV kiêm Bí thư Đảng ủy do ông Hồ Lê Nghĩa phụ trách; bà Trần Thị Hoàng Mai - Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy kiêm thành viên HĐTV; ông Hà Quang Hòa - Tổng Giám đốc kiêm Phó Bí thư Đảng ủy; ông Nguyễn Duy Khánh - Thành viên HĐQT kiêm Thành viên HĐQT; ông Nguyễn Chí Nhân - Thành viên HĐQT kiêm Thành viên HĐQT.

Ngoài ra còn có 4 Phó TGĐ thuộc Ban điều hành: ông Nguyễn Anh Tuấn sinh năm 1973, ông Châu Tuấn sinh năm 1964, ông Nghiêm Xuân Toàn sinh năm 1981 và bà Nguyễn Thị Thúy Hồng. Và 2 kiểm soát viên của Tổng công ty là ông Vũ Dương Hòa và ông Lê Toàn Thắng.
Ông Hồ Lê Nghĩa sinh ngày 09 tháng 12 năm 1979 tại Quỳnh Hậu, Quỳnh Lưu, Nghệ An. Ông Nghĩa là Tiến sĩ kinh tế tốt nghiệp trường Đại học kinh tế quốc dân chuyên về ngành kinh tế công nghiệp. Ngoài ra, ông còn có bằng thạc sĩ quản trị kinh doanh, bằng cử nhân kinh tế.
Ông Nghĩa từng làm nhiều năm tại Viện nghiên cứu chiến lược và chính sách công nghiệp trước khi ông đầu quân gia nhập Vinataba. Theo đó, từ tháng 11/2003 đến tháng 3/2007, ông là chuyên viên Phòng quản lý khoa học và hợp tác quốc tế. Từ năm 2008 đến cuối năm 2010, ông Nghĩa được giao cho chức Trưởng phòng quản lý khoa học và hợp tác quốc tế.

Từ tháng 1/2011 đến tháng 10/2011, ông được bổ nhiệm làm Trưởng phòng nghiên cứu chiến lược và chính sách hội nhập. Từ 2011 đến đầu năm 2015, ông được bổ nhiệm làm Phó viện trưởng Viện nghiên cứu chiến lược và chính sách công nghiệp.
Khi ông gia nhập Vinataba, ông được bầu làm Trưởng Ban kiểm soát nội bộ Tổng công ty từ năm 2016 đến năm 2018. Từ tháng 10/2015 đến tháng 10/2017, tại Công ty TNHH Liên doanh BAT - Vinataba ông Nghĩa còn là người đại diện phần vốn của Tổng công ty. Từ tháng 9/2018 đến nay ông được bầu làm Chủ tịch HĐTV của Vinataba kiêm Bí thư Đảng ủy.
Sáng 25/9/2020, Tổng công ty Thuốc lá Việt Nam (Vinataba) tổ chức Lễ công bố quyết định bổ nhiệm ông Hà Quang Hòa giữ chức vụ Thành viên HĐQT kiêm Tổng giám đốc. Trước đó, ông Hòa giữ chức vụ Phó Tổng Giám đốc, phụ trách Ban Tổng Giám đốc của công ty.
Ông Hà Quang Hòa sinh năm 1976, trình độ thạc sĩ kinh tế, kỹ sư xây dựng. Trước khi về Vinataba, ông Hòa là Phó Vụ trưởng Vụ Công nghiệp nhẹ - Bộ Công Thương (7/2009 - 12/2014). Ngoài chức vụ Tổng giám đốc của Vinataba, ông Hòa còn là Chủ tịch HĐQT kiêm người đại diện vốn của hai công ty con của Vinataba là Công ty Hoa Việt (UPCoM: HJC) và Cát Lợi (HoSE: CLC).
Theo kết quả kinh doanh năm 2022 của Vinataba ghi nhận, tổng doanh thu toàn công ty tăng 6% so với cùng kỳ năm trước, ước đạt 26.826 tỷ đồng (hơn 1 tỷ USD), đạt 105% kế hoạch. Trong đó, doanh thu thuốc lá tăng 8% so với cùng kỳ năm trước, ước đạt 19.272 tỷ đồng, đạt 106% kế hoạch. Lợi nhuận trước thuế năm 2022 của Vinataba đạt khoảng 1.550 tỷ đồng; nộp ngân sách năm 2022 ước đạt 13.775 tỷ đồng.
Vinataba có kết quả kinh doanh hiệu quả trong năm 2022 là nhờ tăng giá bán một số mặt hàng thuốc lá từ đầu năm một cách hợp lý để bù đắp chi phí tăng, tập trung tiết giảm chi phí, đồng thời Tổng công ty đã đóng góp 100 tỷ đồng ủng hộ Quỹ vắc xin phòng chống dịch bệnh Covid-19.