
Đến nay, Tổng công ty đã trải qua 3 lần chuyển đổi tổ chức:
- Lần thứ nhất: Ngày 24/01/1998, Thủ tướng Chính phủ ra Quyết định số 15/1998/QĐ-TTg chuyển Trung tâm Quản lý bay Việt Nam từ đơn vị sự nghiệp có thu sang doanh nghiệp Nhà nước hoạt động công ích do Nhà nước trực thuộc Cục Hàng không dân dụng Việt Nam.
- Lần 2: Ngày 19/6/2008, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải ra Quyết định số 1789/QĐ-BGTVT thành lập Tổng công ty Bảo đảm Hoạt động bay Việt Nam là doanh nghiệp nhà nước trực thuộc Bộ Giao thông vận tải, hình thức hoạt động dựa theo Luật Doanh nghiệp Nhà nước 2003.
- Lần 3: Ngày 25/6/2010, Bộ trưởng Bộ GTVT ra Quyết định số 1754/QĐ-BGTVT thành lập Công ty mẹ - Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam, được tổ chức theo mô hình Công ty mẹ - công ty con, với công ty mẹ là công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên với 100% vốn cổ phần do nhà nước sở hữu, hoạt động theo Luật Doanh nghiệp 2005. Trong đó, Bộ Giao thông với cương vị là chủ sở hữu phải thực hiện đầy đủ quyền và nghĩa vụ đối với Tổng công ty.
Hiện nay, hoạt động bay trên toàn bộ vùng trời chủ quyền trong lãnh thổ, lãnh hải Việt Nam và tại tất cả các cảng hàng không, sân bay trên cả nước đều do VATM thực hiện nhiệm vụ cung cấp các dịch vụ bảo đảm. Với quy mô diện tích để thực hiện cung cấp dịch vụ trên gần 1,2 triệu km2, cùng với phạm vi hoạt động trải dài gần 30 tỉnh, thành phố trên cả nước. Cung cấp dịch vụ bảo đảm trực tiếp cho những hoạt động bay trên 35 hãng hàng không nội địa và 36 đường bay quốc tế. Đặc biệt, chiếm vị trí quan trọng đối với hoạt động hàng không trên khu vực Biển Đông là FIR Hồ Chí Minh với mật độ đường hàng không cao nhất.

Phó Thủ tướng Phan Văn Khải tại Lễ kỷ niệm 50 năm ICAO và đón nhận quyết định của ICAO
trao lại quyền điều hành phần phía Nam Vùng thông báo bay Hồ Chí Minh cho Việt Nam năm 1994
Từ những ngày thành lập đến nay, VATM vẫn là đơn vị dẫn đầu ngành hàng không về chất lượng, năng suất cũng như hiệu quả. Theo đó, ước đạt gần 65.000 tỷ đồng tổng doanh thu hoạt động, nộp ngân sách nhà nước trên 32.000 tỷ đồng.
Năm 2006, VATM đưa vào vận hành Trung tâm điều hành bay đường dài, tiếp cận TP.HCM và năm 2015 khánh thành Trung tâm kiểm soát không lưu Hà Nội. Đây là những công trình tiêu biểu trong ngành giao thông vận tải, có quy mô, tính năng hiện đại xứng tầm khu vực, tạo bước ngoặt trong đầu tư, đổi mới công nghệ trong quá trình điều hành bay.
Ngoài ra, đơn vị còn đầu tư nâng cấp, xây dựng mới hàng chục đài kiểm soát không lưu, trong đó có một số công trình phức tạp, với quy mô lớn, yêu cầu công nghệ và kỹ thuật cao như sân bay Nội Bài, sân bay Tân Sơn Nhất.

Kíp trực tại Đài Kiểm soát không lưu Nội Bài

Ngày 29/09/2022, Công ty chính thức khởi động dự án thành phần 2 “Công trình quản lý bay” giai đoạn 1 dự án Cảng HKQT Long Thành với chủ đầu tư là Tổng công ty, tổng mức đầu tư gần 3.500 tỷ đồng; trong đó, công trình chính là đài kiểm soát không lưu và các công trình phụ trợ có diện tích 24.000 m2.
Trong giai đoạn năm 2015 - 2019, Airways New Zealand đã phối hợp cùng Tổng công ty tổ chức tuyển chọn và đào tạo 65 học viên KSVKL/03 khóa. Chỉ cần hoàn thành khóa họ đào tạo và tốt nghiệp tại Airways New Zealand, học viên sẽ được Tổng công ty tiếp nhận trở thành nhân viên chính thức của Tổng công ty bằng hợp đồng tuyển dụng.
VATM phấn đấu phát triển năng lực điều hành bay đáp ứng yêu cầu chất lượng dịch vụ tin cậy, đảm bảo an toàn tuyệt đối 100% các chuyến bay trong khu vực phụ trách được giao; đảm bảo đến năm 2025 công suất toàn hệ thống đạt 1,5 triệu chuyến/năm.
Chất lượng của Tổng công ty về dịch vụ đảm bảo khai thác hàng không theo tiêu chuẩn quốc tế được Bộ Giao thông vận tải và ICAO công nhận; chủ động từng bước tiếp cận quản lý hoạt động bay tầm thấp, tăng cường năng lực quản lý, điều hành bay trên các vùng biển, đảo thuộc chủ quyền Việt Nam.
Theo kế hoạch đến năm 2030, Quản lý bay Việt Nam sẽ có hệ thống quản lý an toàn nhằm đáp ứng đầy đủ các yêu cầu của cộng đồng hàng không quốc tế và tương đương với các nước tiên tiến trong khu vực châu Á - Thái Bình Dương.